Получили новые ключи в налоговой, но не получается их подтянуть в 1С, в чем может быть причина? "Ошибка формата. Атрибут О (2.5.4.10) сертификата содержит значение..., которое не совпадает со значением указанным а заявлении"

На это влияет человеческий фактор. Нужно чтобы наименование в вашей базе полностью совпадало с наименованием из сертификата. Зачастую ошибка в кавычках,т.к. они могут отличаться из-за раскладки клавиатуры .Или где-то стоит лишний пробел, который база воспринимает тоже за символ.
Примеры ниже. 

Чтобы ошибку устранить нужно зайти: Крипто ПРО CSP - Сервис - Просмотр сертификатов в контейнере - Обзор.
Выбрать там нужный (новый сертификат): Свойства - Состав. 
Скопировать наименование и вставить его в свою карточку организации.
После этого переоформить заявление на изменение.