При анализе ЕНС выявлены пени, за что их начислили - я не понимаю, в Акте сверки тоже не все понятно. Из-за этого всего сальдо на ЕНС сильно различается с учетным. Как поступить в такой ситуации?

Т.к. в базе уже есть полученный Акт сверки с налоговой, который имеет регистрационный номер и дату и размещен в базе ФНС, рекомендуем использовать возможности сервиса ФНС "Оперативная помощь. Разблокировка счета и вопросы по ЕНС"  https://service.nalog.ru/ens-help/

Необходимо заполнить форму обращения через помощник, указав дату и номер документа в базе ФНС, и в течение 24 часов представители сервиса свяжутся с Вами для оперативного решения вопроса либо предоставления пояснений по разночтениям Личного кабинета ЕНС. 

Последним шагом будет заполнение контактной информации для связи и подписание формы обращения электронной подписью.