Как в ЗУП 3.0 начислять премию не отдельным документом, а в итоговом документе начисление зарплаты и взносов за месяц?

Прежде всего нужно зайти в настройки Начисления Премия. Выставить, что данная премия выплачивается с некоторой периодичностью (ежемесячно, в перечисленных месяцах, только если введено значение показателя, только если введен вид учета времени, только если время приходится на праздничные дни).

Нужно назначить сотруднику это начисление (Премию) назначением планового начисления.

Тогда в итоговом документе Начисление зарплаты и взносов премия начислится сотруднику автоматически.