Можно ли присваивать инвентарные номера основным средствам, стоимостью до 10000р, если ввести в учетную политику положение о порядке присвоения инвентарных номеров основным средствам, которые учитываются на забалансовом счете 21 в целях контроля?

Нет. Учетная политика не может противоречить нормативным правовым актам РФ по ведению бухгалтерского (бюджетного) учета, в данном случае будет нарушение п. 46 инструкции № 157н.и п. 9 СГС "Основные средства", в которых явно указано, что объектам стоимостью до 10 000 руб. включительно уникальные инвентарные порядковые номера не присваиваются.
В целях учета и контроля можно использовать порядковые номера, присваемые автоматически в БГУ, в таком случае для объектов, учитываемых на 21 счете нужно указывать признак учета- индивидуальный.