Организация входит в реестр МСП и имеет право на применение пониженного тарифа страховых взносов, но я не могу найти в программе эту настройку.

Подобное поведение программы говорит о том, что учет заработной платы ведется во внешней программе, и данные выгружаются в БП посредством настроенной синхронизации. Проверить данную настройку можно через Администрирование - Настройки программы - Параметры учета - Настройка зарплаты- Общие настройки.

Если учет заработной платы ведется во внешней программе - настроки применения льготного тарифа страховых взносов МСП необходимо настраивать на стороне внешней программы.