В учреждении индексация заработка была поведена 01.10.2024. Оформляем отпуск 07.10.2024г. и коэф. индексации не применяется при начислении среднего заработка, почему?

Если отпуск оформляется в месяце индексации (после расчетного периода, но до начала отпуска), то коэф. применяется, не на этапе расчета среднего, а на этапе расчета начисления — к уже рассчитанному среднему заработку.
Это видно на закладке Начислено при раскрытии подробного расчета (нажать на +)

Подробнее:

https://buh.ru/articles/kak-v-1s-uchityvaetsya-koeffitsient-indeksatsii-srednego-zarabotka-pri-raschete-otpuska-.html