Как в ЗУП 3.1 учесть при оформлении отсутствия с сохранением оплаты труда по участию в военных сборах календарные дни, т.к считает только рабочие дни?

Если необходимо оплачивать в календарных днях, то в начислении Оплата за время военных сборов заменить показатель в формуле ВремяВЧасахДнях на КалендарныеДни
или  
КалендарныеДниМесяцаБезПраздников, если праздничный день должен исключаться из расчетного периода

По поводу того, какие дни должны быть все-таки учтены, обращаться к аудиторам 1С : https://its.1c.ru/docs/ask_auditor/how