Почему в документе Командировка не отражается сумма начислений за 2 дня?

Эти дни выпадают на выходные. В этом случае необходимо оформить документ Работа в выходные и праздники в разделе Зарплата, соответственно они будут оплачены в двойном размере исходя из стоимости дня/часа.

Если все же надо отразить расчет командировки, тогда создать документ Индивидуальный график в разделе Зарплата и в эти выходные дни изменить значение В на Я8, тогда сумма будет рассчитана в документе Командировка.

Подробнее:

https://its.1c.ru/db/staff1c#content:34627:zup30:_top:%D0%BA%D0%B0%D0%BA%20%D0%BE%D0%BF%D0%BB%D0%B0%D1%82%D0%B8%D1%82%D1%8C%20%D0%BA%D0%BE%D0%BC%D0%B0%D0%BD%D0%B4%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%BA%D1%83%20%D0%B2%20%D0%B2%D1%8B%D1%85%D0%BE%D0%B4%D0%BD%D1%8B%D0%B5%20%D0%B4%D0%BD%D0%B8