Какой отчет сформировать в ЗУП, чтобы увидеть всех работающих сотрудников с указанием лицевых счетов по зарплатному проекту, т.к переходим с РНКБ на ВТБ?

В разделе Кадры-Кадровые отчеты-сформировать отчет Личные данные сотрудников на опреределенную дату. В нем уже настройка с фильтром по работающим сотрудникам:

Добавим колонки через настройки для технического специалиста:

Далее выделяем поле Отчет и внизу закладку Поля, где из левой стороны находим Зарплата-развернуть список и выбрать Обмен с банками, из которого перенести в правую часть Зарплатный проект, при необходимости Лицевые счета. Убрать флажки лишних полей, далее наать Закрыть и  сформировать. 

Кроме этого можно отобрать в настройках конкретный зарплатный проект. Для этого перейти в Настройки отчета-Расширенный-Фильтры и выбрать аналогичным образом Зарплатный проект, установить равно и выбрать конкретный з/п проект.