В ЗУП 3.1 в документе Увольнение при расчете компенсации по отгулам не исчисляются НДФЛ и взносы, почему, что делать?

Это ошибка конфигурации, зарегистрирована разработчиками под номером  60020835:
Описание:
"Компенсация стоимости отгула при увольнении ошибочно не облагается НДФЛ и страховыми взносами." планируется исправить в одном из ближайших релизах.

Как обход:

1. НДФЛ исправить можно вручную в виде начисления:

2. Страховые взносы изменить через обработку Групповое изменение реквизитов( Администрирование-Обслуживание-Корректировка данных):

Выбираем Изменять Начисление и и по Ссылке устанавливаем отбор по 2 начислениям

Далее указываем новое значение – Доходы, целиком облагаемые страховыми взносами для реквизитов:

• Вид дохода страховые взносы
• Вид дохода страховые взносы – 2017

И нажимаем Изменить реквизиты

:

Предварительно обязательно сделать резервную копию базы!

После этого настройка по взносам изменится.