Документ "Отпуск" не проведен и не помечен на удаление, но ошибка в списке документов.

Если документ проведён и не помечен на удаление, а в списке документов Вы всё равно видите примечание о том, что он не проверен или проверен с ошибками, нужно дождаться выполнения регламентного задания "Проверка ведения учёта".
По умолчанию она выполняется с 20:00 каждый день, т.е. введённый сегодня документ будет проверен программой завтра.

Если необходимо избавиться от предупреждения здесь и сейчас, Вы можете перейти в раздел Администрирование - Обслуживание - Регламентные операции - Регламентные и фоновые задания

В открывшемся списке введите в поиск "Проверка ведения учета" и нажмите "Выполнить сейчас, выделив строку задания.

Выполнение может занимать от 1 до 20 минут в зависимости от производительности базы. После выполнения задания предупреждения должно исчезнуть.