В программу не поступил Входящий запрос по расчету единовременного пособия по рождению ребенка, отправили Исходящее сообщение о страховом случае, и получили отказ - якобы процесс с такими же данными (номер строки ЗАГС и СНиЛС ребенка) был завершен ранее. Также в программу поступило Уведомление СФР о выплате пособия по этой сотруднице. Как это можно объяснить?

Работающим и застрахованным получателям единовременное пособие при рождении ребенка платит ФСС по данным ЗАГСа. Если работает один из родителей, пособие получит именно он. Если работают оба, то пособие получит мама без заявления. Если пособие не поступило в течение 10 дней с момента регистрации ребенка в ЗАГС, работодатель проверяет, приходил ли запрос от СФР. Он должен поступить в течение 3 дней после регистрации ребёнка. Если нет, значит, ЗАГС не предоставил в СФР информацию о рождении, и, соответственно, пособие не было назначено и выплачено.
В этом случае работодатель формирует и отправляет Исходящее сообщение о страховом случае с видом Единовременное пособие по рождению ребенка, заполнив все необходимые данные, формирует и отправляет Ответ на входящий запрос по факту его получения.
Более подробную информацию можно получить на портале Госуслуг:  
https://www.gosuslugi.ru/life/details/onetime_childbirth_allowance