Почему программа считает оплату нахождения на военных сборах именно в календарных днях, а не в рабочих? Есть ли какой-либо документ, регламентирующий данный вид расчета?

Согласно Письму Федеральной службы по труду и занятости № ПГ/01280-6-1 от 08.02.2024 г., подписанному Начальником Правового управления Федеральной службы по труду и занятости Б.С. Гудко, "...оплате подлежат все календарные дни, (включая выходные и нерабочие праздничные дни), которые приходятся на период военных сборов..."  
С полным текстом письма можно ознакомиться на портале ИТС по ссылке https://its.1c.ru/db/garant/content/408613257/hdoc