В учреждении индексацию заработка провели с 01.10.2025г., но при начислении отпуска не индексируется средний заработок в октябре, почему?

Это правильное поведение программы,т.к. изменился механизм индексации среднего заработка в случаях, когда период сохраняемого среднего заработка начинается в том же месяце, когда проведена индексация.
В данном случае коэффициент индексации применяется к окончательно рассчитанному среднему заработку, т.е на закладке Начислено( подробно). 

На самом деле нет четких разъяснений, как индексировать средний в этой ситуации,  абз. 3 п. 6 Положения утв. Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922 звучит так:
«…если повышение произошло после расчетного периода до наступления случая, с которым связано сохранение среднего заработка, - повышается средний заработок, исчисленный за расчетный период…», поэтому в 1С реализовано именно так.