Как оплачивать больничный лист внешнему совместителю, который отработал в учреждении менее 2 лет?

Если работник занят по внешнему совместительству менее 2 лет, то пособие по этому работодателю не выплачивается (ч. 2 и 3 ст. 13 Федерального закона от 29.12.2006 № 255-ФЗ.

В данном случае в документе Ответ на запрос СФР для расчета пособия установить флаг Пособие не требуется и указать причину отказа: Сотрудник отработал, как внешний совместитель, менее 2-х лет, далее провести документ и отправить в СФР.

См. статью:
https://its.1c.ru/db/newsprac/content/490295/hdoc#:~:text=2%20%D0%B8%203%20%D1%81%D1%82.,%D0%BF%D0%BE%20%D1%8D%D1%82%D0%BE%D0%BC%D1%83%20%D1%80%D0%B0%D0%B1%D0%BE%D1%82%D0%BE%D0%B4%D0%B0%D1%82%D0%B5%D0%BB%D1%8E%20%D0%BD%D0%B5%20%D0%B2%D1%8B%D0%BF%D0%BB%D0%B0%D1%87%D0%B8%D0%B2%D0%B0%D0%B5%D1%82%D1%81%D1%8F.