Если годовая премия начисляется в документе Начисление зарплаты, и сумма вводится документом Данные для расчета зарплаты, то в расчет среднего она попадает, как премия за текущий год, несмотря на то, что в настройках вида расчета установлено Годовая премия, за прошлый год.
Если ввести годовую премию документом Премия отдельно, то в расчет среднего премия попадает правильно.
Способ обхода:
Добавить в формулу премии "+ РасчетнаяБаза * 0" После внесения изменений в вид расчета нужно пересчитать зарплату, в документе "Начисление зарплаты" в котором данная премия начислялась.