По сотруднику при начислении зарплаты, начисляет льготу на детей, хотя доход уже больше 350000р.

Прочий доход проводится раньше чем начисление зарплаты, если суммы дохода нехватает до 350000, то вычет применяется правильно, а в начисление зарплаты должен быть снят. Лучший вариант в прочем доходе убрать вычет и поставить проавильную сумму НДФЛ вручную. При этом в начислении зарплаты не будет никаких минусов и перерасчетов.