При расчете аванса рассчитывается вычет по НДФЛ, это правильно. А если у сотрудника будет превышение дохода, а вычет уже будет посчитан?

НДФЛ рассчитывается нарастающим итогом за год. Если при начислении аванса за первую половину вычет применился, а при расчете за месяц доход будет превышать базу, НДФЛ все равно пересчитается и вычет не будет применен. Т.к. при расчете аванса НДФЛ рассчитывается предварительно для формирования ведомости на выплату.