Почему в отчете "Ведомость по товарам на складах" строка "Итого" не заполняется автоматически?

Не заполняется, потому что у вас имеется товар в разных единицах измерения: штуки, килограммы, декалитры и т.п.
Соответственно программа не суммирует количество разных единиц измерения.
Если вам необходимо суммировать, то надо зайти в "настройки отчета"- вид "расширенный", на закладке "отбор" в поле "количественные итоги" выбрать значение "без учета единиц измерения"