Вопрос: Как сделать продление отпуска в связи с больничным, чтобы можно было выплатить отдельно больничный и сумма отпуска не менялась?

Можно сделать следующим образом:
1. Отменяем проведение первоначального отпуска.
2. Вводим больничный (он будет рассчитан без учета отпуска, только сумма больничного и НДФЛ с него)
3. Проводим первоначальный отпуск.
4. В первоначальном отпуске нажимаем кнопку Исправить. В открывшемся документе- исправлении дату окончания отпуска увеличиваем на кол-во дней больничного.
Если все сделано правильно, то в документе- исправлении сумма начисленная должна быть равна сумме перерасчета.
Проверить учет доходов и НДФЛ по сотруднику можно отчетом Анализ НДФЛ по документам- основаниям. если выплаты по перерасчету уже были проведены и по отчету есть расхождения, нужно перезаполнить ведомость на выплату по сотруднику (суммы к выплате меняться не должны, только распределение дохода по документам-основаниям)