Отпускные уже были выплачены, но сделали отзыв из отпуска. Как объяснить бухгалтеру, какие у него были основания для выплаты, если сумма начислений стала на много меньше?

Основание для выплаты суммы отпускных является приказ на отпуск и записка расчет, на бумаге документы должны быть распечатаны и подписаны. Основание для сторно количества дней отпуска в связи с отзывом -> Приказ об отзыве из отпуска и записка расчет после перерасчета.
Для прогрммы нет возможности оставить и первоначальный документ отпуск и документ-отзыв из отпуска. Такая возможность появится в версии 3.1.4