При списании товара программа позволяет списать товар в минус, как исправить?

Для этого необходимо настроить дополнительные права пользователю:
Администрирование-Пользователи и права-Персональные настройки-Дополнительные настройки пользователей- вверху выбрать необходимого пользователя - поставить галочку "Контролировать остатки при проведении документов"