Клиент выставляет счет в долларах, но товар передается в рублях.

Для учета расчетов по таким договорам необходимо в создаваемом договоре устанавливать валюту расчетов USD, но при этом ставить галочку "расчеты в рублях". При такой настройке все поступающие документы от поставщика будут заводиться в иностранной валюте с пересчетом на рубли по курсу, а расчеты будут закрываться в рублях, с возможностью корректировки курса и количества валюты. При таком ведении учета регламентированные операции будут пересчитывать задолженность по договору с учетом курсовых разниц.
Для исправления необходимо создать новый, правильный договор и в созданные документы в хронологическом порядке его подтянуть, проверяя при этом правильность заносимых сумм в валюте и рублях. Затем проделать все необходимые регламентные операции по закрытию месяцев и проверить сданную отчетность по налогу на прибыль (возможны изменения за счет курсовых разниц), при необходимости - отчетность пересдать.