При выписке товара, не показывает что товар отсутствует и проводит. Как настроить, чтобы было уведомление или предупреждение об отсутствии?

Администрирование - Проведение документов - Снять галочку "Разрешается списание запасов при отсутствии остатков по данным учета". Необходимо помнить, что если проводятся документы задним числом, и на дату такого проведения остатки есть, но далее будет списание, и на сегодня остатков нет - программа даст провести такое списание, но при закрытии месяца выдаст ошибку по последующей реализации о недостаточности запасов на складе.
Так же рекомендовано использовать функционал "Контроля отрицательных остатков".