Если мы приняли маркированную обувь в честном знаке, а не в 1с, как нам поставить на учет такую продукцию в 1с? Надо ли сканировать марки при поступлении товаров?

В таком случае, вам необходимо просто создать документ "Поступление товаров и услуг", марки не сканировать, т.е. пиктограмма проверки марки будет светится красным, а не зеленым цветом. Переживать не надо.
При продаже Вам необходимо будет отсканировать марку, а затем штрихкод с товара (или наоборот).