Установлен контроль остатков при пробитие чеков и при проведение документов. Как получается так, что при закрытие смены, не проводится отчет о розничных продажах, потому что не хватает остатка? Как такое возможно?

Это может быть, если задним числом изменять документ Поступление товаров и другие документы (после пробития чека в Поступление товаров указали другую позицию).
При изменении документа, программа не контролирует остаток.