Можно ли запретить продавать товар, которого нет на остатке?

Да, конечно.
1.В настройках РМК поставить галочку "Контролировать остатки товаров при закрытии чека". При установленном флаге будет контролировать остаток на товар при пробитии чека (раздел Продажи- настройки РМК)
2 В дополнительных правах пользователей поставить галочку "Контролировать остатки и резерв товаров на складе" (Администрирование - настройки пользователей и прав - персональные настройки пользователей - дополнительные права пользователей - сверху указать пользователя или группу пользователей).
При выставленном флаге будет контролироваться остаток на складе при проведении документов (например, отчет о розничных продажах)