При списании с р/с надо указать, что оплачено именно за конкретную накладную, как это сделать?

Если нужно в банковском документе указать кокретно, какие именно документы оплачиваются, то можно выбрать способ погашения задолженности По документу и выбрать его. Если оплачиваются сразу несколько документов, то воспользоваться заполнением через гиперссылку Разбивка платежа.