Как отразить оплату за услуги, но не поставщику. а через другого контрагента

Если акт получен от Поставщика, а оплату за них произвели Контрагенту другому (т.е. рассчитался за организацию он), то следует воспользоваться документом Корректировка долга с видом Прочие корректировки, где дебитром будет Контрагент, а кредитором Поставщик.