В каких случаях проставляется флаг Карантин по коронавирусу в программе, т.к. больничный лист электронный и загружен с типом Карантин 03, как доказать проверяющим , что это именно карантин по коронавирусу, на каком основании поставили флаг?

Этот флаг появляется при загрузке ЭЛН с причиной нетрудоспособности = Карантин (03)
см. https__://its.1c.ru/db/updinfo#content:709:1:issogl2_3 -> e1c://server/techsupp-usp-1c1-d9-msk.int.1s.ru/usp_global/ , где сказано:
"После получения или загрузки в программу ЭЛН с причиной нетрудоспособности "(03) Карантин" теперь отображается флажок "Карантин по коронавирусу". Сам ЭЛН не содержит информации о том, по какой причине карантин, поэтому если это оказался именно тот случай карантина – по коронавирусу, то флажок нужно установить самостоятельно.
О том, что это карантин по коронавирусу мы можем узнать от сотрудника.