Можно ли вернуть НДФЛ не через работодателя, а через налоговую лично?

При наличии работодателя нельзя, о чем прямо указано в НК РФ, Статья 231. Порядок взыскания и возврата налога:
1.
...
При отсутствии налогового агента налогоплательщик вправе подать заявление в налоговый орган о возврате излишне удержанной с него и перечисленной в бюджетную систему Российской Федерации ранее налоговым агентом суммы налога одновременно с представлением налоговой декларации по окончании налогового периода.