Мы являемся филиалом организации, отчетность отправляем сами, можем ли мы подавать Уведомление об уплате налогов ЕНП от себя?

Нет, на текущий момент Уведомление об уплате налогов формирует и отправляет только головная организация, а вот в составе данных Уведомления по каждому филиалу формируется отдельная строка с видом налога или взноса, КПП филиала, ОКТМО налоговой, в которой обособка зарегистрирована. Например, при формировании 25.01.2023 г. Уведомления об уплате налога по НДФЛ за период с 01 по 22 января отправителем будет головная организация, а в составе уведомления будет две строки - с КПП головной организации, ОКТМО ФНС регистрации головной организации и суммой удержанного налога по головной орагнизации, и строка с КПП филиала, ОКТМО ФНС регистрации филиала и суммой удержанного налога по филиалу. По каждому филиалу будет отдельная строка.