Как настроить программу так, чтобы бонусы начислялись не на сумму товара со скидкой, а не без скидки. Цена товара 6000 руб., но даем скидку 50% и продаем за 3000 руб. Бонусы начисляются с 6000 руб., а не с 3000 руб.. Что я делаю не так?

При такой настройке скидка должна отрабатывать только автоматическая, а не ручная.
Скидки надо расположить в группе совместного использования "Последовательное применение".
Сначала скидку на товар, а затем скидки по бонусам.
Таким образом у вас будут начисляться бонусы с сумму со скидкой