Почему программа при проведении банковских выписок не видит договоры по контрагенту? Все договоры проведены.

Вид договора определяет круг соответствующих документов и виды операций в банковских документах. Т.е., если в банковской выписке выбран вид операции Оплата от покупателя, то нельзя выбрать договор с видом Прочее, так же как невозможно выбрать вид договора Оплата от покупателя при выборе вида операции Получение займа от контрагента.