Можно ли в УНФ отгрузить товары с разных складов одним документом?

Да, можно.
Для этого необходимо включить такой функционал:
Настройки-Еще больше возможностей-Склад-Разрешить склады в табличных частых
Затем в Расходной накладной Еще (верхнее)-Шапка/табличная часть-Положение склада в документах отгрузки - Поставить галку "В табличной части"