По сотруднику получены два больничных листа, не являющихся продолжением друг друга, они пересекаются по дате: первый больничный выдан на период с 04.10 по 20.10, а второй - с 20.10 по 25.10. Первый уже оплачен, как правильно сформировать Ответ на входящий запрос по второму?

Согласно 255-ФЗ, в одно и то же время не могут быть выплачены два пособия, соответственно, 20.10 необходимо отразить в следующем больничном как ранее оплаченное за счет СФР. В программе это придеться делать вручную.

При необходимости выполнить перерасчет на вкладке Главное. Если все манипуляции проведены корректно, на вкладке Начислено (подробно) должны отобразиться Оплата за счет работодателя в полном объеме, и оплата за счет СФР за уменьшенный на 1 день период. 

Больничный проводим, и формируем Ответ на входящий запрос по расчету пособия с ручной корректировкой периода за счет СФР.