Есть необходимость выплаты аванса не всей положенной суммы, а например 40% от начисленной в документе "Начисление за первую половину месяца", а позже доплатить оставшиеся 60%. Как это сделать? Как удержится НДФЛ?

Такая возможность предусмотрена, в ведомости на выплату нужно кликнуть по ссылке "Заполнение всеми причитающимися суммами, округление до копейки" и указать процент выплаты, когда будет выплачиваться оставшаяся часть аванса нужно сделать ведомость на выплату и в поле "Процент выплаты" указать 100% и нажать заполнить. Сумма удержанного НДФЛ при этом будет рассчитана автоматически пропорционально сумме выплаченного дохода.