Добрый день! После запуска сервиса Личный кабинет ЕНС сформированы сведения об уплате налогов. До автоматического формирования сведения были внесены вручную. Надо ли удалять задвоенные суммы?

Добрый день, однозначно, и здесь решение за Вами. Во избежание расхождения оборотов и сальдо на ЕНС с точки зрения налоговой приоритет, безусловно, за автоматически подгруженными Сведениями об уплате налогов. Однако это не догма, и, если Вас не устраивает сальдо, или Вы заметили, что какой-либо операции в движениях и истории нет, Вы всегда вправе обратится в налоговую за справкой либо Актом сверки, и на его основании заявить о несогласии в сервисе "Оперативная помощь. Разблокировка счета и вопросы по ЕНС". В течение суток специально назначенный представитель ИФНС ответит на все интересующие Вас вопросы.
Ссылка на сервис - https://service.nalog.ru/ens-help/