Когда создаю новую группу в справочнике Номенклатура, она почему-то становится в подчинение не главной группе справочника, а верхней в списке. Например, создаю группу Услуги - а она подчиняется папке Товары.

Для корректной работы с иерархией групп номенклатуры можно использовать следующий вариант:
1. Перейдите в справочник Номенклатура.

Если просто создать группу - она попадет в подчинение выделенной группы (в данном случае, в подчинение группы Антисептики).

2. Выделите любую группу, правой кнопкой мыши перейдите в контекстное меню, выберите команду Переместить в группу.

3. В результате выполнения этой команды получаем полную иерархию справочника, выделяем группу Номенклатура, выполняем команду Создать группу, заполняем ее наименование.

В результате получаем группу, подчиненную только группе Номенклатура.