Учреждение финансируется с 2-х бюджетов по КФО 5 и КФО 4, соответственно зарплата начисляется и выплачивается тоже в разрезе этих статей финансирования.. Как в ЗКГУ 3.1 посчитать сумму для расчета отпускных в разрезе разных КФО, чтобы начислять отпускные по разным бюджетам, ФОТ для расчета среднего заработка - разный, а в програме берется средний заработок общий.

Для того, чтобы в системе отпуска, больничные, дни по уходу за ребенком-инвалидом и пр. распределялись по статьям финансирования, в настройках вида начисления Отпуск необходимо в закладке Налоги, взносы, бухучет  установить флажок "По базе среднего заработка". После настройки отпуск пересчитать.

На закладке Начислено документа Отпуск сумма будет разбита по статьям финансирования, если в расчет отпуска входят несколько начислений по разным статьям.