Работник уходит в армию, нужно ли это как-то отражать в программе?

Нужно, оформляем Увольнение на основании п.1 ч. 1 ст. 83 ТК РФ «Призыв работника на военную службу или направлением его на заменяющую ее альтернативную гражданскую службу», на вкладке Дополнительно в поле для ввода текста пишем Повестка о призыве на военную службу, указываем серию и номер повестки, в ячейке Выходное пособие за указать кол-во дней согласно графику сотрудника, в данном случае - 10 раб. дней. (поскольку по данному виду увольнения начисляется выходное пособие за две недели, смотрим, сколько раб. дней выпадает на две недели, начиная со следующего после увольнения дня), вид начисления Компенсация по увольнению (выходное пособие) не облагается НДФЛ и страховыми взносами (контроль - по отчетам), проводим, формируем ведомости и СЗВ-ТД.