Отправили отчет Расчет по страховым взносам, но он не принят, в протоколе указано, что первичная регистрация отчета уже была, но Сосояние отчета стоит "Не принят в обработку", что делать?

Возможно был сбой при первой отправке и бухгалтер ошибочно еще раз нажал отправить отчет. В этом случае фиксируется несколько отправок отчетов в истории и сначала будет принят отчет, который ранее был отправлен, все последующие варианты будут отклонены. Поэтому в протоколе и указано, что повторная регистрация отчета, т.е. ранее был отчет отправлен и принят.

Проверить можно в отчете в колонке Состояние- Этапы отправки по гиперссылке История отправки, где видно, сколько было попыток отправки одного и того же отчета и тот вариант, который по дате был первый- уже со статусом Сдано.