Имеется ли отчет по остаткам товаров, которым будет показывать в том числе товар с нулевым остатком?

Могу вам предложить использовать отчет "Движение товаров по складам"
Указать период с "первый день работы в программе" по "текущая дата"
Колонка "Конечный остаток" покажет вам остаток товаров, в т.ч. и 0.