Как может быть такое: в настройках программы установлен контроль отрицательных остатков ( в дополнительных правах пользователя и в настройках РМК), а все-равно имеется отрицательный остаток товаров?

Если контроль никто не отключал, то это произошло из-за изменения документов задним числом. Т.е. на момент продажи товар на остатке был, а потом изменили документ, который этот остаток двигал.
Для разрешения ситуации возможно развернуть архивную копию базы, сформировать в двух базах отчет "движение товаров по складам", расшифровать по регистратору и сравнить движения.