Сделали свертку базы. Как теперь оформить корректировочные счета-фактуры, ведь реализаций товаров за предыдущий период нет?

Только следующим образом: вам необходимо задним числом создать реализацию товаров и счет-фактуру. На основании нее оформить "Корректировку реализации" и "Корректировочный счет-фактуру". А затем запрограммировать обработку, которая удалит движения из документа Реализация товаров.