Нужно ли пробивать чек на зачет аванса/предоплаты если д/с поступили от юридического лица (ООО, ИП)?

Нет в таком случае вы пробиваете только один чек на поступление д/с.
Если вы получили предоплату от организации или ИП, то выдавать второй чек в момент передачи товаров не нужно

Порядок описан в: (Письмо ФНС России от 21.08.2019 № АС-4-20/16571@)