По сотруднику зарегистрирован и проведен документ Работа в выходные и праздники с компенсацией в виде Повышенной оплаты и расчетом по стоимости дня. Почему при формировании Начисления зарплаты и взносов размер выплаты меньше расчетного?

Проанализируем исходные данные.
Документ Работа в выходные и праздники

Начисление зарплаты и взносов:

Подобное расхождение говорит о том, что применяются различные методы по расчету стоимости дня, соответственно, необходимо проверить настройки расчета зарплаты.

Изменяем настройку расчета: 

Перепроводим документ Работа в выходные и праздники, перезаполняем документ Начисление зарплаты и взносов.

Теперь стоимость дня совпадает с расчетной.