Как разделить данные учета в программе по 2 договорам свободной экономической зоны.

Если вы работаете в Бухгалтерия 3.0, то сделать это будет сложно. При создании субсчетов по счетам расходов могут быть проблемы с распределением и закрытием периодов.
В обычной бухгалтерии раздельный учет по разным ставкам налога на прибыль возможен только для разных организаций.
В Бухгалтерии КОРП добавляется возможность устанавливать разные ставки по обособленным подразделениям, с которыми Бухгалтерия 3.0 обычная не работает (кроме зарплаты).
Схема, которую можно предложить — это перейти на Бухгалтерию КОРП и создать обособленные подразделения по разным ставкам налога на прибыль.