Сотрудник идет в отпуск на 12 дней с 25.12.2024, программа считает, что крайней датой отпуска будет 13.01.2025. Скажите, пожалуйста, как при расчете отпуска учитываются обычные выходные и нерабочие праздничные дни?

Отпуск рассчитывается в календарных днях, но согласно ст. 120 ТК РФ, нерабочие праздничные дни из него вычитаются.
Если брать упрощенно, то в данном примере субботы и воскресенья будут учтены при расчете отпускных, а праздничные будние дни из расчета будут исключены.
Данный пример имеет отношение к региональному Производственному календарю Республики Крым.