Что делать, если случайно забыли отразить документ прихода в отчетности по НДС, которая уже сдана за предыдущий период.

Отражать вычеты в отчетности по НДС - право, а не обязанность налогоплательщика. В связи с этим, можно отразить непринятые к вычету приходные документы от поставщика в текущем налоговом периоде (согласно пп. 1.1 ст. 172 НК РФ, налогоплательщик имеет право отразить принятие к вычету в течение 3-х лет с даты получения первичного документа от поставщика).  
Необходимо провести первичный документ датой получения в текущем квартале. После этого сформировать регламентную операцию Формирование книги покупок.

Неотраженные ранее счета-фактуры заполнятся в данном документе и будут отражены в книге покупок текущим налоговым периодом.

Можно удалить ненужные счета-фактуры, и тем самым переносить вычет на будущие налоговые периоды.